A certificação de Cadeia de Custódia verifica se o material certificado pelo FSC foi identificado e separado do material não certificado e não controlado, ao longo da cadeia de abastecimento, da floresta ao consumidor. Estes certificados são válidos por 5 anos e sujeitos a verificações anuais.
A certificação de Cadeia de Custódia é essencial para as empresas que procuram ter acesso a mercados conscientes em termos ambientais e sociais, ou para demonstrar o cumprimento com políticas de compras públicas e privadas, que especificam materiais ambientalmente responsáveis. Exemplos disso são o Rótulo Ecológico da União Europeia ou US Green Building Leadership in Energy e Environmental Design (LEED) rating system.